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Number Gene name RAP ID DOI Reference Title
1 GA2ox3 Os01g0757200 10.1105/tpc.108.060913
  • A Novel Class of Gibberellin 2-Oxidases Control Semidwarfism, Tillering, and Root Development in Rice W
2 GA2ox9 Os02g0630300 10.1105/tpc.108.060913
  • A Novel Class of Gibberellin 2-Oxidases Control Semidwarfism, Tillering, and Root Development in Rice W
3 GA2ox6 Os04g0522500 10.1105/tpc.108.060913
  • A Novel Class of Gibberellin 2-Oxidases Control Semidwarfism, Tillering, and Root Development in Rice W
4 SG1 Os09g0459200 10.1104/pp.111.187567
  • Annotated
5 ALS Os02g0510200 10.1007/s00299-010-0915-8
  • Selecting genetic transformants of indica and indica-derived rice cultivars using bispyribac sodium and a mutated ALS gene
6 EL5 Os02g0559800 10.1111/j.1365-313X.2007.03120.x
  • SHORT GRAIN1 Decreases Organ Elongation and Brassinosteroid Response in Rice1[W][OA]
7 OASA2 Os03g0264400 10.1104/pp.111.175778
  • Application of Gene Targeting to Designed Mutation Breeding of High-Tryptophan Rice1[W][OA]
8 OsGAD2 Os04g0447800 10.1093/jxb/erm120
  • C-terminal extension of rice glutamate decarboxylase(OsGAD2) functions as an autoinhibitory domain and overexpression of a truncated mutant results in the accumulation of extremely high levels of GABA in plant cells
9 OsIAA3 Os12g0601400 10.1111/j.1365-313X.2006.02693.x
10 IDEF1 Os08g0101000 10.1111/j.1365-313X.2011.04772.x
11 OsPLDα1 Os01g0172400 10.1111/j.1744-7909.2010.01021.x
12 AFT Os01g0185300 10.1007/s00425-009-1077-1
13 OsGAE1 Os01g0201600 10.1007/s11103-006-9030-1
14 OsMADS3 Os01g0201700 10.1023/A:1006051911291
15 OsSAMS3 Os01g0293000 10.1016/j.jplph.2011.05.020
16 OsSAMS2 Os01g0323600 10.1016/j.jplph.2011.05.020
17 OsACO7 Os01g0580500 10.1104/pp.110.162412
18 OsrbohA Os01g0734466 10.5511/plantbiotechnology.22.127
19 Orysa;CycB1;1 Os01g0805600 10.1007/s00425-009-1051-y
20 OsNAC4 Os01g0816100 10.1038/emboj.2009.39
21 OsHAP3A Os01g0834400 10.1046/j.1365-313X.2003.01897.x
22 HDT702 Os01g0909100 10.1016/j.bbrc.2009.07.162
23 OsDCL1 Os01g0909200 10.1104/pp.105.063420
24 SDG714 Os01g0927000 10.1105/tpc.106.048124
25 rtS Os01g0929600 10.1007/s11103-006-9031-0
26 Osg1 Os01g0947700 10.1007/s00425-010-1301-z
27 NOA1 Os02g0104700 10.1371/journal.pone.0020015
28 OsNOA1?RIF1 Os02g0104700 10.1111/j.1469-8137.2010.03264.x
29 Os4CL3 Os02g0177600 10.1104/pp.111.178301
30 HDA703 Os02g0214900 10.1016/j.bbrc.2009.07.162
31 HDA710 Os02g0215200 10.1016/j.bbrc.2009.07.162
32 RPBF Os02g0252400 10.1111/j.1365-313X.2009.03925.x
33 DCW11 Os02g0255100 10.1093/pcp/pcn036
34 OsHARP Os02g0256200 10.1007/s00726-008-0043-8
35 OsGMST1 Os02g0274900 10.1093/jxb/err178
36 OsTudor-SN Os02g0523500 10.1111/j.1365-313X.2008.03516.x
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39 OsNAR2.1 Os02g0595900 10.1111/j.1365-3040.2011.02335.x
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44 CEBiP Os03g0133400 10.1111/j.1365-313X.2010.04328.x
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53 OsApx1 Os03g0285700 10.1016/j.phytochem.2010.01.003
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91 OsPLDα4 Os06g0604200 10.1104/pp.111.183749
92 OsPLDα5 Os06g0604300 10.1104/pp.111.183749
93 OsLIC Os06g0704300 10.1371/journal.pone.0003521
94 OsEIN2 Os07g0155600 10.1104/pp.109.152702
95 HDA704 Os07g0164100 10.1016/j.bbrc.2009.07.162
96 RISBZ1 Os07g0182000 10.1111/j.1365-313X.2009.03925.x
97 NDP kinase Os07g0492000 10.1104/pp.122.2.447
98 OsDR8 Os07g0529600 10.1007/s11103-005-4770-x
99 OsFOR1 Os07g0568700 10.1023/B:PLAN.0000006940.89955.f1
100 OsBZR1 Os07g0580500 10.1073/pnas.0706386104
101 Osppc4 Os01g0208700 10.1073/pnas.0913127107
102 OsPDK1 Os07g0637300 10.1093/pcp/pci241
103 OsBLE2 Os07g0650600 10.1023/A:1025001304994
104 aldolase Os07g0650600 10.1007/s11103-004-5920-2
105 rtGA2.1 Os07g0687700 10.1111/j.1365-313X.2005.02457.x
106 OsFAD8 Os07g0693800 10.1093/pcp/pcm107
107 OsApx2 Os07g0694700 10.1016/j.phytochem.2010.01.003
108 APx2 Os07g0694700 10.1111/j.1365-3040.2011.02366.x
109 OsDEG10 Os08g0139000 10.1016/j.bbrc.2009.01.131
110 OsDR10 Os08g0155900 10.1371/journal.pone.0004603
111 OsBAK1 Os08g0174700 10.1111/j.1467-7652.2009.00444.x
112 OsGLP8 Os08g0189200 10.1104/pp.108.128348
113 SSIIIa Os08g0191433 10.1139/g11-010
114 OsRAD21-3 Os08g0266700 10.1111/j.1365-313X.2007.03190.x
115 OsCCC1 Os08g0323700 10.1007/s11103-011-9744-6
116 OsrbohE Os08g0453733 10.5511/plantbiotechnology.22.127
117 OsHI-LOX Os08g0508800 10.1111/j.1365-313X.2009.03988.x
118 OsAPx-R Os08g0522400 10.1111/j.1469-8137.2011.03659.x
119 OsMADS7 Os08g0531700 10.1111/j.1365-313X.2009.04101.x
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121 OsCERK1 Os08g0538300 10.1111/j.1365-313X.2010.04324.x
122 OsSPY Os08g0559300 10.1111/j.1365-313X.2006.02875.x
123 OsPT6 Os08g0564000 10.1111/j.1365-313X.2008.03726.x
124 OsMADS8 Os09g0507200 10.1111/j.1365-313X.2009.04101.x
125 OsSGT1 Os09g0518200 10.1111/j.1365-313X.2008.03697.x
126 OsGEN-L Os09g0521900 10.1093/pcp/pci090
127 OsFD1 Os09g0540800 10.1038/nature10272
128 Ugp1 Os09g0553200 10.1105/tpc.106.044123
129 OsRCCR1 Os10g0389200 10.1016/j.jplph.2011.05.026
130 EBL1 Os10g0390800 10.1007/s10529-010-0405-7
131 OsDCL3b Os10g0485600 10.1111/j.1365-313X.2011.04805.x
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134 SPK Os10g0539600 10.1093/pcp/pch122
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143 OsTDL1A Os12g0472500 10.1111/j.1365-313X.2008.03426.x
144 OsSpo11-4 Os12g0622500 10.1371/journal.pone.0020327
145 OsDOS Os01g0192000 10.1104/pp.106.082941
146 OsNPR1 Os01g0194300 10.1007/s11103-010-9695-3
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149 OsLOL2 Os01g0612700 10.1007/s00438-007-0232-2
150 OsYUCCA1 Os01g0645400 10.1104/pp.106.091561
151 PME1 Os01g0788400 10.1111/j.1365-313X.2011.04486.x
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162 AmyI-1 Os02g0765600 10.1093/pcp/pci091
163 OsPIP1;3 Os02g0823100 10.1038/cr.2007.34
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166 OsMAPK5 Os03g0285800 10.1105/tpc.008714
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169 OsLOX1 Os03g0700700 10.1007/s11103-007-9278-0
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302 OsFRDL1 Os03g0216700 10.1104/pp.108.128132 OsFRDL1 Is a Citrate Transporter Required for Efficient Translocation of Iron in Rice
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304 Osapc6 Os03g0236966 10.1007/s10142-009-0155-6 A candidate gene OsAPC6 of anaphase-promoting complex of rice identified through T-DNA insertion
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306 mit Os03g0296800 10.1038/ncomms1326 The rice mitochondrial iron transporter is essential for plant growth
307 ssd1 Os03g0302900 10.2183/pjab.86.265 SSD1, which encodes a plant-specific novel protein, controls plant elongation by regulating cell division in rice
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309 oscipk31 Os03g0319400 10.1007/s10059-010-0084-1 Annotated
310 v2 Os03g0320900 10.1111/j.1365-313X.2007.03251.x The rice nuclear gene, VIRESCENT 2, is essential for chloroplast development and encodes a novel type of guanylate kinase targeted to plastids and mitochondria
311 OschlH Os03g0323200 10.1093/pcp/pcg064 Characterization of a Rice Chlorophyll-Deficient Mutant Using the T-DNA Gene-Trap System
312 glu1 Os03g0329500 10.1007/s11103-005-2972-x Annotated
313 cwa1/bc1 Os03g0416200 10.1007/s00425-010-1171-4 Isolation of a novel cell wall architecture mutant of rice with defective Arabidopsis COBL4 ortholog BC1 required for regulated deposition of secondary cell wall components
314 glup4 Os03g0427300 10.1270/jsbbs.60.556 Characterization of the rice glup4 mutant suggests a role for the small GTPase Rab5 in the biosynthesis of carbon and nitrogen storage reserves in developing endosperm
315 OsAGO7 Os03g0449200 10.1007/s00425-006-0472-0 Annotated
316 shl4/sho2 Os03g0449200 10.1073/pnas.0704339104 Annotated
317 chl9 Os03g0563300 10.1007/s11103-006-9024-z Rice Chlorina-1 and Chlorina-9 encode ChlD and ChlI subunits of Mg-chelatase, a key enzyme for chlorophyll synthesis and chloroplast development
318 pez1 Os03g0571900 10.1074/jbc.M111.221168 A Rice phenolic efflux transporter is essential for solubilizing precipitated apoplasmic iron in the plant stele
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321 OsIAA11 Os03g0633500 10.1093/mp/ssr074 A Gain-of-Function Mutation in OsIAA11 Affects Lateral Root Development in Rice
322 Osam1 Os03g0650400 10.1038/cr.2011.7 OsAM1 is required for leptotene-zygotene transition in rice
323 nol1 Os03g0654600 10.1111/j.1365-313X.2008.03670.x
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